基于转座酶和高通量测序的染色质分析技术(assay for transposase-accessible chromatin using sequencing,ATAC-seq)是近年来较为热门的一项用于检测染色质开放性的表观遗传组学技术。为确定适用于人原代免疫细胞的ATAC-seq实验方法,本研究探寻细胞裂解条件,发现0.1%NP-40能温和且较4EGI-1小鼠为彻底地裂解细胞。具体方法为使用Tn5转座酶切割染色质并连接测序接头,利用PCR扩增建库;运用2100Bioanalyzer毛细管电泳和统计分析文库中的DNA片段,得到片段呈周期性排布的ATAC-seq文库分布模式。使用一系列生物信息学工具确定文库质量,发现样本总比对率大于94%,线粒体基因组百分率低于38%,所得ATAC-seq信号在更多转录起始位点附近有明显富集,技术重复间可重复率约为80%。以上从多个维度表明实验及文库制备的整个过程质量良好,是较为理想的用于处理人原代免疫细胞的ATAC-seq实验方法。
三结构域蛋白(tripartite motif protein,TRIM)家族,也被称为RBCC家族,具有3个保守的结构域,参与了增殖、分化、程序性死亡selleck HPLC控制等多种细胞活动,影响免疫细胞信号转导及固有免疫反应等。TRIM38是TRIM家族的一员,具有典型的结构特征,近来研究发现其在固有免疫系统中发挥重要作用。文章对TRIM38的结构及其对固有免疫信号通路的调节进行综述。
背景 炎症性肠病是一种与肠道自身免疫相关的慢性炎症性疾病,自噬是促进免疫调节的细胞途径,相关基因的表达异常与肠道炎症以及免疫反应关系密切,而表观遗传修饰对炎症性肠病自噬的调控机制尚未阐明。